排列
按时间顺序排列：对于同一类档案，按照其形成的时间先后顺序进行排列，能清晰地反映事物的发展过程。
按重要程度排列：将重要的档案排在前面，次要的排在后面，便于优先查阅重要档案。
按文号排列：按照文件的发文字号顺序排列，适用于有明确文号的档案，方便通过文号快速查找档案。
全宗原则：全宗是一个独立的机关、组织或个人在社会活动中形成的全部档案的有机整体。档案整理要维护全宗的完整性，即同一全宗的档案不可分散，不同全宗的档案不得混淆。这有助于保持档案之间的内在联系，反映一个特定主体的活动全貌。比如，某企业的档案构成一个全宗，其各个部门、各个时期形成的档案都应归属于这个全宗，不能将该企业的档案与其他企业的档案混在一起整理。
按来源分类
组织机构分类法：按照档案形成的组织机构进行分类，将同一部门或单位形成的档案集中在一起。如政府机关中，不同科室形成的档案分别归类，能体现各部门的职能和工作范围，以及部门之间的协作关系。
作者分类法：以档案的作者为分类依据，将同一作者形成的档案归为一类。对于个人档案或一些特定作者群体的档案，这种分类方法有助于了解作者的思想、工作风格和学术成就等。
参考相关标准和规范
国家标准和行业标准：许多行业和领域都有关于档案分类的国家标准或行业规范，这些标准提供了通用的分类框架和主题词表，可以作为确定主题和分类标准的重要参考。例如，《企业档案工作规范》《机关档案工作条例》等对不同类型档案的分类都有相应的规定。
专业分类体系：对于一些特定的专业领域，如医学、法学、历史学等，有专门的分类体系和主题词表。在整理相关专业档案时，可以借鉴这些专业分类体系，使档案的分类更加科学、准确，便于专业人员的利用和研究。